कई विकल्पों में से, ये पांच दाग सबसे आम हैं, जो कि एथिडियम ब्रोमाइड से शुरू होता है, जो सबसे अधिक व्यापक रूप से उपयोग किया जाता है। इस प्रक्रिया के साथ काम करते समय, न केवल दागों के बीच के अंतर बल्कि अंतर्निहित स्वास्थ्य जोखिमों को जानना महत्वपूर्ण है।
एथिडियम ब्रोमाइड डीएनए की कल्पना करने के लिए उपयोग की जाने वाली सबसे प्रसिद्ध डाई है। यह जेल मिश्रण, वैद्युतकणसंचलन बफर में इस्तेमाल किया जा सकता है, या यह चलाने के बाद जेल दाग करने के लिए।
डाई का अणु यूवी स्ट्रैस के नीचे डीएनए स्ट्रैड्स और फ्लोरेस का पालन करता है, जिससे आपको पता चलता है कि बैंड जेल के भीतर कहां हैं। इसके लाभ के बावजूद, नकारात्मक पक्ष यह है कि एथिडियम ब्रोमाइड एक संभावित कैसरजन है, इसलिए इसे बहुत सावधानी से संभालना चाहिए।
एसवाईबीआर गोल्ड डाई का उपयोग दोहरे या एकल-फंसे डीएनए को दागने या आरएनए को दागने के लिए किया जा सकता है। SYBR गोल्ड ने एथिडियम ब्रोमाइड के पहले विकल्पों में से एक के रूप में बाजार में प्रवेश किया और इसे अधिक संवेदनशील माना जाता है।
क्योंकि अनबाउंड अणु की प्रतिदीप्ति इतनी कम है, नियति की आवश्यकता नहीं है। लाइसेंस धारक आणविक जांच भी (SYBR गोल्ड के प्रक्षेपण के बाद से) विकसित और विपणन SYBR सुरक्षित और SYBR ग्रीन जो एथिडियम ब्रोमाइड के लिए सुरक्षित विकल्प हैं।
SYBR ग्रीन I और II दाग (फिर से, आणविक जांच द्वारा विपणन) विभिन्न उद्देश्यों के लिए अनुकूलित हैं। क्योंकि वे डीएनए से बंधते हैं, उन्हें अभी भी संभावित उत्परिवर्ती माना जाता है और इस वजह से, उन्हें देखभाल के साथ संभाला जाना चाहिए।
SYBR ग्रीन I अधिक है संवेदनशील डबल-फंसे डीएनए के साथ उपयोग के लिए, जबकि दूसरी ओर SYBR ग्रीन II है श्रेष्ठ एकल-फंसे डीएनए या आरएनए के साथ उपयोग के लिए। लोकप्रिय एथिडियम ब्रोमाइड दाग की तरह, ये अत्यधिक संवेदनशील दाग यूवी प्रकाश के तहत प्रतिदीप्त होते हैं।
SYBR ग्रीन I और II दोनों को निर्माता द्वारा "254 एनएम एपि-रोशनी पोलरॉइड 667 ब्लैक और" के साथ उपयोग करने की सिफारिश की जाती है। श्वेत फिल्म और एक SYBR ग्रीन जेल स्टेन फ़ोटोग्राफ़िक फ़िल्टर "आरएनए या एकल-स्ट्रॉन्ग डीएनए प्रति 100 पीजी का पता लगाने के लिए" बैंड।
SYBR सेफ को एथिडियम ब्रोमाइड और अन्य SYBR दाग के लिए एक सुरक्षित विकल्प के रूप में डिजाइन किया गया था। यह खतरनाक अपशिष्ट नहीं माना जाता है और आम तौर पर नियमित सीवर सिस्टम (यानी, नीचे नाली) के माध्यम से निपटाया जा सकता है, क्योंकि विषाक्तता परीक्षण से संकेत मिलता है कि कोई तीव्र विषाक्तता नहीं है।
परीक्षण भी दर्शाता है सीरियाई हम्सटर भ्रूण (SHE) कोशिकाओं, मानव लिम्फोसाइटों, माउस लिम्फोमा कोशिकाओं पर बहुत कम या कोई जीनोटॉक्सिसिटी नहीं है, या एएमईएस परीक्षण में नोट किया गया है। दाग का उपयोग नीले-प्रकाश के ट्रांसिल्यूमिनेटर के साथ किया जा सकता है जो डीएनए को कम नुकसान पहुंचाता है और क्लोनिंग के लिए बेहतर दक्षता प्रदान करता है।
अगर आप डीएनए की रिकवरी के लिए लो-मेल्टिंग-पॉइंट जैल का इस्तेमाल कर रहे हैं तो यह भी एक अच्छा विकल्प है। यह उच्च तापमान पर बहुत स्थिर है और अपने आप में बहुत कम प्रतिदीप्ति है, लेकिन डीएनए से बंधे होने पर अत्यधिक फ्लोरोसेंट है। ईवा ग्रीन को बहुत कम या कोई साइटोटोक्सिसिटी होने का प्रदर्शन नहीं किया गया है उत्परिवर्तजनीयता.