1800 के चुनाव में कोई "आधिकारिक" उपाध्यक्ष उम्मीदवार नहीं थे। अमेरिकी संविधान के अनुसार, मतदाताओं ने राष्ट्रपति के लिए दो विकल्प बनाए और जिसने सबसे अधिक वोट प्राप्त किए वह राष्ट्रपति बन गया। दूसरे सबसे अधिक मतों वाला व्यक्ति उपाध्यक्ष बन गया। यह 12 वें संशोधन के पारित होने के साथ बदल जाएगा।
कोई आधिकारिक उपराष्ट्रपति पद का उम्मीदवार नहीं होने के बावजूद, थॉमस जेफरसन ने अपने चल रहे साथी के रूप में हारून बूर के साथ दौड़ लगाई। उनके "टिकट" को सबसे अधिक वोट मिले और राष्ट्रपति कौन होगा इसका फैसला मतदाताओं को दिया गया। जॉन एडम्स को पिनकेनी या जे के साथ जोड़ा गया था। हालांकि, राष्ट्रीय अभिलेखागार के अनुसार, लोकप्रिय वोटों की संख्या का कोई आधिकारिक रिकॉर्ड नहीं रखा गया था।
थॉमस जेफरसन और हारून बूर के बीच 73 मतों में से एक मतदाता था। इस वजह से, प्रतिनिधि सभा को निर्णय लेना पड़ा कि कौन राष्ट्रपति होगा और कौन उपाध्यक्ष होगा। द्वारा एक गहन अभियान के कारण अलेक्जेंडर हैमिल्टन, थॉमस जेफरसन को 35 मतपत्रों के बाद हारून बूर के ऊपर चुना गया था। हैमिल्टन की हरकतें एक कारक होगी जिसके कारण 1804 में बूर के साथ द्वंद्वयुद्ध में उनकी मृत्यु हो गई।