कुछ क्षेत्रों में, जैसे कि दक्षिणी भारत, हिंदू राज्यों पर आयोजित और यहां तक कि मुस्लिम ज्वार के खिलाफ वापस धक्का दिया। उपमहाद्वीप को प्रसिद्ध मध्य एशियाई विजेताओं के आक्रमणों का भी सामना करना पड़ा चंगेज खान, जो मुस्लिम नहीं था, और तैमूर या तामेरलेन, जो था।
यह काल मुगल काल (1526-1857) का अग्रदूत था। मुगल साम्राज्य मूल रूप से उज्बेकिस्तान के एक मुस्लिम राजकुमार बाबर द्वारा स्थापित किया गया था। बाद में मुगलों के अधीन, विशेष रूप से अकबर महान, मुस्लिम सम्राटों और उनके हिंदू विषयों ने एक अभूतपूर्व समझ हासिल की और एक सुंदर और समृद्ध बहुसांस्कृतिक, बहुमूत्र और धार्मिक रूप से विविध राज्य बनाया।
1206 में, एक पूर्व Mamluk कुतुबुद्दीन ऐबक नाम के गुलाम ने उत्तरी भारत पर विजय प्राप्त की और एक राज्य की स्थापना की। उसने अपना नाम दिल्ली का सुल्तान बताया। ऐबक एक मध्य एशियाई तुर्क वक्ता थे, जो दिल्ली के अगले चार सुल्तानों में से तीन के संस्थापक थे। मुस्लिम सुल्तानों के कुल पांच राजवंशों ने 1526, जब तक उत्तर भारत के अधिकांश हिस्सों पर शासन किया बाबर मुगल राजवंश को खोजने के लिए अफगानिस्तान से नीचे बह गया।
1221 में, सुल्तान जलाल विज्ञापन-दीन मिंगबर्नू अपनी राजधानी समरकंद, उजबेकिस्तान भाग गया। उसका ख्वारज़मिद साम्राज्य चंगेज खान की अग्रिम सेनाओं में गिर गया था, और उसके पिता मारे गए थे, इसलिए नए सुल्तान भारत में दक्षिण और पूर्व भाग गए। अब पाकिस्तान में सिंधु नदी पर, मंगोलों ने मिंगबर्नु और उसके 50,000 शेष सैनिकों को पकड़ लिया। मंगोल सेना केवल 30,000 मजबूत थी, लेकिन उसने फारसियों को नदी के किनारे पर पिन कर दिया और उन्हें हटा दिया। सुल्तान के लिए खेद महसूस करना आसान हो सकता है, लेकिन मंगोल दूतों की हत्या के लिए उसके पिता का निर्णय तत्काल चिंगारी था
मंगोल विजय प्राप्त की मध्य एशिया में और पहले स्थान पर।दक्षिणी भारत का चोल राजवंश मानव इतिहास में किसी भी राजवंश के सबसे लंबे रनों में से एक था। 300 ईसा पूर्व में कुछ समय की स्थापना की, यह वर्ष 1250 सीई तक चली। एक भी निर्णायक लड़ाई का कोई रिकॉर्ड नहीं है; इसके बजाय, पड़ोसी पांडियन साम्राज्य केवल इस हद तक ताकत और प्रभाव में बढ़ गया कि इसने प्राचीन चोल राजनीति को धीरे-धीरे खत्म कर दिया। मध्य एशिया से आने वाले मुस्लिम विजेताओं के प्रभाव से बचने के लिए ये हिंदू राज्य काफी दक्षिण में थे।
1290 में, दिल्ली में मामलुक राजवंश गिर गया, और खिलजी राजवंश दिल्ली सल्तनत पर शासन करने वाले पांच परिवारों में से दूसरा बनने के लिए अपनी जगह पर खड़ा हुआ। खिलजी राजवंश 1320 तक ही सत्ता में रहेगा।
उनके संक्षिप्त, 30 साल के शासनकाल के दौरान, खिलजी राजवंश ने सफलतापूर्वक मंगोल साम्राज्य से कई अवतार लिए। भारत को लेने के मंगोल के प्रयासों को समाप्त करने वाली अंतिम, निर्णायक लड़ाई जालंधर की लड़ाई थी 1298, जिसमें खिलजी सेना ने कुछ 20,000 मंगोलों को मार डाला और बचे हुए लोगों को भारत से बाहर निकाल दिया अच्छा।
1320 में, मिश्रित तुर्किक और भारतीय रक्त के एक नए परिवार ने दिल्ली सल्तनत पर नियंत्रण कर लिया, जिसने तुगलक वंश काल की शुरुआत की। गाजी मलिक द्वारा स्थापित, तुगलक राजवंश ने दक्कन के पठार के दक्षिण में विस्तार किया और पहली बार दक्षिण भारत के अधिकांश हिस्सों पर विजय प्राप्त की। हालांकि, ये क्षेत्रीय लाभ लंबे समय तक नहीं रहे। 1335 तक, दिल्ली सल्तनत उत्तरी भारत में अपने आदी क्षेत्र में वापस सिकुड़ गई थी।
दिलचस्प बात यह है कि मोरक्को के प्रसिद्ध यात्री इब्न बतूता ने ए Qadi या गाजी मलिक के दरबार में इस्लामिक न्यायाधीश, जिन्होंने गयासुद्दीन तुगलक के सिंहासन का नाम लिया था। वह भारत के नए शासक के खिलाफ अनुकूल नहीं था, जिसके खिलाफ इस्तेमाल किए गए विभिन्न अत्याचारों को हटा दिया गया था जो लोग करों का भुगतान करने में विफल रहे, उनकी आंखें फटी हुई थीं या पिघला हुआ सीसा उनके नीचे डाला गया था गले। इब्न बतूता को विशेष रूप से याद दिलाया गया था कि ये भयावहता मुसलमानों के साथ-साथ काफिरों के खिलाफ भी थी।
जैसे ही तुगलक की शक्ति दक्षिण भारत में तेजी से बढ़ी, एक नया हिंदू साम्राज्य सत्ता की रिक्तता को भरने के लिए दौड़ पड़ा। विजयनगर साम्राज्य कर्नाटक से तीन सौ से अधिक वर्षों तक शासन करेगा। इसने दक्षिण भारत में अभूतपूर्व एकता ला दी, जो मुख्य रूप से उत्तर में कथित मुस्लिम खतरे के कारण हिंदू एकजुटता पर आधारित थी।
हालाँकि, विजयनगर दक्षिणी भारत के लोगों को एकजुट करने में सक्षम था, लेकिन वे जल्द ही उपजाऊ दक्कन के पठार को खो बैठे, जो उपमहाद्वीप की कमर से एक नए मुस्लिम सल्तनत तक फैला हुआ था। बहमनी सल्तनत की स्थापना तुगलक ने अला-उद-दीन हसन बहरीन शाह के खिलाफ एक तुर्क विद्रोही द्वारा की थी। उन्होंने दक्खन को विजयनगर से दूर कर दिया, और उनकी सल्तनत एक सदी से अधिक समय तक मजबूत रही। 1480 के दशक में, हालांकि, बहमनी सल्तनत में गिरावट आई। 1512 तक, पांच छोटे सल्तनत टूट गए थे। पंद्रह साल बाद, केंद्रीय बहमनी राज्य चला गया था। अनगिनत लड़ाइयों और झड़पों में, छोटे उत्तराधिकारी राज्य विजयनगर साम्राज्य द्वारा कुल हार का सामना करने में कामयाब रहे। हालांकि, 1686 में, क्रूर सम्राट Aurengzeb मुगलों ने बहमनी सल्तनत के अंतिम अवशेषों पर विजय प्राप्त की।
मदुरै सल्तनत, जिसे माबर सल्तनत के नाम से भी जाना जाता है, एक और तुर्क शासित क्षेत्र था जो दिल्ली सल्तनत से मुक्त हो गया था। तमिलनाडु में दक्षिण में स्थित मदुरै सल्तनत विजयनगर साम्राज्य द्वारा जीतने से पहले केवल 48 साल तक चली थी।
पश्चिमी कैलेंडर की चौदहवीं शताब्दी दिल्ली सल्तनत के तुगलक वंश के लिए रक्त और अराजकता में समाप्त हुई। रक्त-प्यासा विजेता तैमूर, जिसे तामेरलेन भी कहा जाता है, ने उत्तरी भारत पर आक्रमण किया और एक-एक करके तुगलक के शहरों को जीतना शुरू किया। त्रस्त शहरों में नागरिकों का नरसंहार किया गया था, उनके गंभीर सिर पिरामिड में ढेर कर दिए गए थे। 1398 के दिसंबर में, तैमूर दिल्ली ले गया, शहर को लूट रहा था और अपने निवासियों को मार रहा था। तुगलकों ने 1414 तक सत्ता पर कब्जा किया, लेकिन उनकी राजधानी शहर एक सदी से अधिक समय तक तैमूर के आतंक से उबर नहीं पाई।