कई यौगिकों को एक जलीय घोल से क्रिस्टलीकरण द्वारा शुद्ध किया जाता है। क्रिस्टल कई संदूकों को बाहर निकालता है, हालांकि, पानी यौगिक के राशन में रासायनिक रूप से बंधे बिना क्रिस्टलीय जाली के भीतर फिट हो सकता है। गर्मी लागू करने से यह पानी निकल सकता है, लेकिन यह प्रक्रिया आमतौर पर क्रिस्टलीय संरचना को नुकसान पहुंचाती है। यह ठीक है, यदि लक्ष्य एक शुद्ध यौगिक प्राप्त करना है। क्रिस्टलोग्राफी या अन्य उद्देश्यों के लिए क्रिस्टल बढ़ने पर यह अवांछनीय हो सकता है।
कभी-कभी दो रूप संयुक्त होते हैं। उदाहरण के लिए, [Cu (H)2ओ)4]इसलिए4· एच2ओ का उपयोग तांबा (II) सल्फेट के क्रिस्टलीकरण के पानी का वर्णन करने के लिए किया जा सकता है।
पानी एक छोटा, ध्रुवीय अणु है जो आसानी से क्रिस्टल लैटिस में शामिल हो जाता है, लेकिन यह क्रिस्टल में पाया जाने वाला एकमात्र विलायक नहीं है। वास्तव में, अधिकांश सॉल्वैंट्स क्रिस्टल में अधिक या कम सीमा तक बने रहते हैं। एक आम उदाहरण बेंजीन है। एक विलायक के प्रभाव को कम करने के लिए, केमिस्ट आमतौर पर वैक्यूम निष्कर्षण का उपयोग करके जितना संभव हो उतना निकालने की कोशिश करते हैं और अवशिष्ट विलायक को बंद करने के लिए एक नमूना गर्म कर सकते हैं। एक्स-रे क्रिस्टलोग्राफी अक्सर एक क्रिस्टल के भीतर विलायक का पता लगा सकता है।