दोनों देशों के बीच शुरुआती संपर्क व्यापारियों और खोजकर्ताओं के माध्यम से था। बाद में 1800 के मध्य में अमेरिका के कई प्रतिनिधियों ने व्यापार समझौतों पर बातचीत करने के लिए जापान की यात्रा की, जिसमें 1852 में कमोडोर मैथ्यू पेरी भी शामिल थे, जिन्होंने बातचीत की पहली व्यापार संधि और यह कानूनगो का सम्मेलन. इसी तरह, दोनों देशों के बीच राजनयिक और व्यापार संबंधों को मजबूत करने की उम्मीद में एक जापानी प्रतिनिधिमंडल 1860 में अमेरिका आया था।
द्वितीय विश्व युद्ध 1941 में जापान के पर्ल हार्बर में अमेरिकी नौसैनिक अड्डे पर बमबारी के बाद देशों ने एक-दूसरे के खिलाफ खड़ा देखा। 1945 में जापान से जबरदस्त कार्यवाहियों का सामना करने के बाद युद्ध समाप्त हो गया परमाणु बमबारी हिरोशिमा और नागासाकी और की टोक्यो की फायरबॉम्बिंग.
14 अगस्त, 1945 को, जापान ने विजयी मित्र सेनाओं द्वारा कब्जे के लिए आत्मसमर्पण कर दिया। जापान का नियंत्रण हासिल करने पर, अमेरिकी राष्ट्रपति हैरी ट्रूमैन नियुक्त जनरल डगलस मैकआर्थर जापान में मित्र देशों की सर्वोच्च कमांडर के रूप में। मित्र देशों की सेना ने जापान के पुनर्निर्माण पर काम किया, साथ ही साथ सम्राट हिरोहितो के पक्ष में सार्वजनिक रूप से राजनीतिक वैधता को मजबूत किया। यह अनुमति दी
मैकआर्थर राजनीतिक प्रणाली के भीतर काम करने के लिए। 1945 के अंत तक, लगभग 350,000 अमेरिकी सैनिक जापान में विभिन्न प्रकार की परियोजनाओं पर काम कर रहे थे।मित्र देशों के नियंत्रण के तहत, जापान ने एक उल्लेखनीय परिवर्तन किया जापान का नया संविधान जिसमें लोकतांत्रिक सिद्धांतों, शैक्षिक और आर्थिक सुधार, और लोकतंत्रीकरण पर जोर दिया गया था जो नए जापानी संविधान में अंतर्निहित था। जैसा कि सुधारों ने मैकआर्थर को धीरे-धीरे राजनीतिक नियंत्रण में स्थानांतरित कर दिया, जो कि सैन फ्रांसिस्को के 1952 की संधि में जापानी परिणति पर आ गया, जिसने आधिकारिक रूप से व्यवसाय को समाप्त कर दिया। यह रूपरेखा दोनों देशों के बीच घनिष्ठ संबंध की शुरुआत थी जो इस दिन तक चलती है।
सैन फ्रांसिस्को संधि के बाद की अवधि दोनों के बीच घनिष्ठ सहयोग की विशेषता रही है 47,000 अमेरिकी सैन्य सैनिकों के साथ जापान के निमंत्रण पर जापान में शेष देश सरकार। युद्ध के बाद की अवधि में जापान को महत्वपूर्ण मात्रा में सहायता प्रदान करने के साथ अमेरिका के साथ संबंधों में आर्थिक सहयोग भी एक बड़ी भूमिका निभा रहा है क्योंकि जापान सहयोगी बन गया था शीत युद्ध. इस साझेदारी के परिणामस्वरूप जापानी अर्थव्यवस्था की पुनरावृत्ति हुई है जो इस क्षेत्र की सबसे मजबूत अर्थव्यवस्थाओं में से एक है।