पुरातात्विक खोजों के आधार पर, यह पोस्ट किया गया है कि होमिनिड जापान में गतिविधि 200,000 तक की हो सकती है ईसा पूर्व जब द्वीप एशियाई मुख्य भूमि से जुड़े थे। हालाँकि कुछ विद्वान निवास के लिए इस प्रारंभिक तिथि पर संदेह करते हैं, लेकिन अधिकांश इस बात से सहमत हैं कि लगभग 40,000 ई.पू. हिमनदी ने मुख्य भूमि के साथ द्वीपों को फिर से जोड़ दिया था।
जापान की भूमि को आबाद करना
पुरातात्विक साक्ष्यों के आधार पर, वे यह भी मानते हैं कि 35,000 और 30,000 ई.पू. होमो सेपियन्स पूर्वी और दक्षिणपूर्वी एशिया के द्वीपों में चले गए थे और शिकार और इकट्ठा करने और पत्थर के औजार बनाने के अच्छे तरीके स्थापित किए थे। इस काल के पत्थर के औजार, आबाद स्थल और मानव जीवाश्म जापान के सभी द्वीपों में पाए गए हैं।
जोमन काल
अधिक स्थिर रहने वाले पैटर्न ने लगभग 10,000 ई.पू. सेवा निओलिथिक या, जैसा कि कुछ विद्वानों का तर्क है, मध्य पाषाण संस्कृति। आधुनिक जापान के ऐनू आदिवासी लोगों के संभवतः पूर्वजों, विषम जोमन संस्कृति के सदस्य (सीए। 10,000-300 ई.पू.) ने सबसे स्पष्ट पुरातात्विक रिकॉर्ड छोड़ दिया। 3,000 ईसा पूर्व तक, जोमन लोग मिट्टी के आंकड़े और बर्तन बना रहे थे, जिन्हें प्रभावित करके पैटर्न बनाया गया था गीली मिट्टी जिसमें लट या बिना कटे हुए कॉर्ड और स्टिक होते हैं (बढ़ने के साथ जोमन का अर्थ है 'प्लेटेड कॉर्ड का पैटर्न') परिष्कार। ये लोग चिपके हुए पत्थर के औजार, जाल और धनुष का भी इस्तेमाल करते थे और शिकारी, इकट्ठा करने वाले और कुशल तटीय और गहरे पानी वाले मछुआरे थे। उन्होंने कृषि के एक अल्पविकसित रूप का अभ्यास किया और गुफाओं में और बाद में अस्थायी के समूहों में रहते थे आधुनिक मानवशास्त्रीय अध्ययन के लिए समृद्ध रसोई की रसोई को छोड़कर उथले गड्ढे में रहने वाले या ऊपर-नीचे के घर।
देर से योमन अवधि तक, एक नाटकीय बदलाव पुरातात्विक अध्ययनों के अनुसार हुआ था। अफीम की खेती परिष्कृत चावल-धान की खेती और सरकारी नियंत्रण में विकसित हुई थी। जापानी संस्कृति के कई अन्य तत्व भी इस अवधि से तारीख कर सकते हैं और उत्तरी एशियाई महाद्वीप और दक्षिणी प्रशांत क्षेत्रों से एक मिश्रित प्रवास को दर्शा सकते हैं। इन तत्वों में शिन्तो पौराणिक कथाएं, विवाह रीति-रिवाज, स्थापत्य शैली और तकनीकी विकास, जैसे लाहवेयर, वस्त्र, धातु, और कांच के बने पदार्थ हैं।
यायोई काल
अगली सांस्कृतिक अवधि, ययोई (टोक्यो के खंड के नाम पर जहां पुरातात्विक जांच की जाती है लगभग 300 ई.पू. के बीच इसका पता लगाया) और A.D 250 दक्षिणी क्यूशू से उत्तरी तक होंशु। इन लोगों में से सबसे पहले, जिनके बारे में माना जाता है कि वे कोरिया से उत्तरी क्यूशू में चले गए थे और जोमोन के साथ रुक-रुक कर, पत्थर के बने औजारों का भी इस्तेमाल करते थे। हालाँकि याओई की मिट्टी के बर्तनों को तकनीकी रूप से अधिक उन्नत किया गया था, लेकिन इसे जोमोन वेयर की तुलना में अधिक आसानी से सजाया गया था।
Yayoi ने पहली शताब्दी A.D., लौह कृषि उपकरण और हथियारों द्वारा कांस्य सेरेमोनियल नॉनफंक्शनल घंटियाँ, दर्पण और हथियार बनाए। जैसे-जैसे आबादी बढ़ती गई और समाज अधिक जटिल होता गया, वे कपड़ा बुनते गए, स्थायी खेती वाले गाँवों में रहने लगे, निर्माण किया लकड़ी और पत्थर की इमारतें, भूमि के स्वामित्व और अनाज के भंडारण के माध्यम से संचित धन, और विशिष्ट सामाजिक विकास कक्षाएं। उनकी सिंचित, गीली चावल की संस्कृति मध्य और दक्षिण चीन के समान थी, जिसके लिए भारी इनपुट की आवश्यकता थी मानव श्रम के कारण, जो एक अत्यधिक गतिहीन, कृषि समाज के विकास और अंतिम विकास के लिए प्रेरित हुआ।
चीन के विपरीत, जिसे बड़े पैमाने पर सार्वजनिक कार्यों और जल-नियंत्रण परियोजनाओं को शुरू करना पड़ा, जिसके परिणामस्वरूप एक उच्च केंद्रीकृत सरकार के लिए, जापान में प्रचुर मात्रा में पानी था। जापान में, तब, स्थानीय राजनीतिक और सामाजिक विकास केंद्रीय प्राधिकरण और एक स्तरीकृत समाज की गतिविधियों की तुलना में अपेक्षाकृत अधिक महत्वपूर्ण थे।
जापान के बारे में जल्द से जल्द लिखित रिकॉर्ड इस अवधि से चीनी स्रोतों से हैं। वा (जापान के लिए एक प्रारंभिक चीनी नाम का जापानी उच्चारण) पहली बार ए डी 57 में उल्लेख किया गया था। प्रारंभिक चीनी इतिहासकारों ने वा को सैकड़ों बिखरे हुए आदिवासी समुदायों की भूमि के रूप में वर्णित किया, न कि निहंगी में 700 साल की परंपरा के साथ एकीकृत भूमि, जो जापान की नींव रखती है 660 ई.पू.
तीसरी सदी के चीनी स्रोतों ने बताया कि वा लोग कच्ची सब्जियां, चावल और बांस और लकड़ी की थालियों में परोसी जाने वाली मछली पर रहते थे, उनके पास वासल-मास्टर संबंध थे, कर वसूलते थे, प्रांतीय अनाज और बाजार, पूजा में अपने हाथों से ताली बजाते हैं (कुछ अभी भी शिंटो मंदिरों में किया जाता है), हिंसक उत्तराधिकार संघर्ष किया था, मिट्टी के बने कब्रों का निर्माण किया, और देखा शोक। हिमिको, एक प्रारंभिक राजनीतिक महासंघ की महिला शासक जिसे यमाताई के नाम से जाना जाता है, तीसरी शताब्दी के दौरान फली-फूली। जबकि हिमिको ने एक आध्यात्मिक नेता के रूप में शासन किया था, उनके छोटे भाई ने राज्य के मामलों को अंजाम दिया, जिसमें चीनी वेई राजवंश (A.D. 220) से 65 के दरबार के साथ राजनयिक संबंध शामिल थे।